（1）防潮光学镜片就容易生霉、生雾、机械零件受潮后，容易生锈，显微镜箱内应放置1～2袋硅胶作干燥剂。
（2）防热避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。因此，生物显微镜要放置在干燥阴凉、无尘、无腐蚀的地方。使用后，要立即擦拭干净，用防尘透气罩罩好或放在箱子内。当显微镜闲置时，用塑料罩盖好，并储放在干燥的地方防尘防霉。将物镜和目镜保存在干燥器之类的容器中，并防些干燥剂。
（3）防腐蚀显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起，如硫酸、盐酸、强碱等。
（4）防尘光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大，注意保持显微镜的清洁。